ג'ומלה! כמערכת לוקחת את נושא האבטחה בצורה רצינית מאוד ופועלת בצורה מתמדת לתיקון כל בעיה שצצה. הדבר אינו אומר שכל האחראיות נופלת על צוות הפיתוח של המערכת וישנם דברים שכל בעל אתר יכול לעשות על-מנת להגן על אתר המבוסס על מערכת ניהול התוכן ג'ומלה!.
שימוש בתעודת אבטחה SSL, מאפשרת שימוש בכמה תכונות המובנות בתוך מערכת ג'ומלה! ויכולה לסייע באבטחת האתר מפני פגיעה באתר ובמשתמשים בו. מעבר לכך, תעודת הSSL יכולה להעניק למערכת ג'ומלה! תכונות נוספות שאולי אינן מוכרות לכם.
אתר הבית הרשמי לקהילת 

לאחרונה אנו עדים לפריצות רבות לאתרי אינטרנט על רקע פוליטי, בעיקר על ידי האקרים מוסלמיים. ברוב המקרים הפריצה מסתכמת בהחלפת עמוד הבית, אך לעיתים ישנה פגיעה בקבצים ובמסדי הנתונים. אתרי ג'ומלה אינם חסינים מפני פריצות ויש האומרים שהעובדה שהאתר מבוסס מערכת ידועה ופופאלרית הופך אותה לתקיפה יותר מאשר אתרים מבוססי מערכות פחות ידועות.


